経済的懸念を払拭し、研究に専念するため、OISTでは博士課程の学生に対して、授業料相当額及び年間約240万円程度(課税対象)をリサーチ・アシスタントシップとして支給しています(いずれも返還不要)。さらに、学生は他大学への訪問旅費、パソコンの貸与のほか、 国際会議出席の旅費についても支援を受けられます。

学生への経済的支援制度を有する一方で、学生が学外の奨学金を申請することも強く奨励しています。本学のリサーチ・アシスタント制度として本学が提供する支援は、学外の奨学金と合わせ、標準を60万円上回る、総額300万円までとすることができます。

リサーチ・インターンシップ・プログラムの学生には、日額2,400円の実習手当、キャンパス内または近くの住居提供、通勤手当、及び自宅または教育機関と沖縄間の往復航空券を支給しています。日常生活を全面的にサポートすることで、リサーチ・インターンシップに集中して研究活動に取り組む環境を提供しています。